2010年，世界各地逐渐接受了被选召的孩子们的存在，在现实世界见到数码兽的光景也变得稀松平常。八神太一（22岁）与石田大和（22岁）身为即将毕业的大学生，对自己的前途感到迷茫，而其他伙伴们都各自确立了今后的志向，朝着自己未来目标向前迈进。就在此时，在全世界各地被选召的孩子们出现失去意识的情况，某起事件开始蠢蠢欲动。专门研究数码兽的美国学者梅诺亚·贝鲁奇与助手井村京太郎出现在太一他们的面前，并声称名为“厄俄斯兽”（Eosmon）的数码兽就是元凶，希望太一他们能协助自己。为了解决事件，太一他们这些被选召的孩子们再度集结。然而在与“厄俄斯兽”战斗时，亚古兽与加布兽它们的“进化”却出现了怪异的变化。看到这个事态的梅诺亚，告诉太一他们某个令人震惊的事实，连接未来的无限可能性，这个力量消失的话，被选召的孩子们与数码兽们的搭档关系也将消失。孩子们的成长，继续进化与战斗，都将使加速他们剩下的有限时间。但不挺身而战就无法拯救伙伴，而勉强硬拼的战斗会促使搭档的离别提早来临，即便要与最珍视的存在分道扬镳，仍旧要奋战下去。面对着不容扭转的宿命，太一与亚古兽以及大和与加布兽之间的“绊”所引导而出了最后的进化，“亚古兽-勇气之绊-”（Agumon-Yuki's Kizuna-）和“加布兽-友情之绊-”（Gabumon-Yujo's Kizuna-）诞生了。1999年夏天开始的漫长冒险之旅终于要到结束的时候了，这是太一他们与数码兽们最后的大冒险物语。
