有史以前、神秘のエネルギー結晶石「ビクトリウム」を巡って古代人の間で争いが起きた時、宇宙から飛来した謎の巨人・ウルトラマンビクトリーが、古代人の「選ばれし者」に自らに変身できるアイテムを与え、戦いに終止符を打つ。 そして現代。ウルトラマンギンガとダークルギエルの戦いから2年が経ち、地球には平和な日々が戻っていた。だがある時、ある目的の遂行のため地底に封印されたビクトリウムを強奪せんと現れたチブル星人エクセラー（SD）がその手始めとしてアンドロイド・ワンゼロを地球へと送り込んだ。 再び地球に迫る危機に、ビクトリウムを守る使命を帯びた地底人ビクトリアンの青年・ショウがウルトラマンビクトリーに変身して立ち向かう。さらに、ビクトリウムに導かれた礼堂ヒカルの意志に呼応するように地球へ帰ってくるウルトラマンギンガ。今、新たな戦いが始まる。