「ぼくのデーモン」は核爆発によって一瞬だけ地獄と重なり、汚染された地獄の砂塵が流れてきている近未来の地球が舞台。“東京”の下町に住む小学生の剣斗は、森で拾った赤い砂粒を“デーモン”に育て、「アナ」と名付けて仲良く暮らしている。人々に忌み嫌われ、殺意を向けられる“デーモン”のアナを守りたい剣斗だったが、剣斗とアナの関係を見守っていた母が不慮の事故に遭ってしまい……。母を助けるための、剣斗とアナによる大冒険が始まる。
